Tsubasa: Reservoir Chronicle được hình thành từ cảm hứng của bốn nghệ sĩ trong nhóm CLAMP, với ý định kết nối các tác phẩm lấy bối cảnh trong thế giới thực và các tác phẩm lấy bối cảnh trong thế giới ảo trước đây của họ lại với nhau[5]. Trước khi bắt tay vào Tsubasa: Reservoir Chronicle, CLAMP đã sáng tác loạt manga Cardcaptor Sakura, và mẫu thiết kế của hai nhân vật chính đã được vẽ lại từ chính tác phẩm đó. CLAMP quyết định vẽ Tsubasa theo phong cách đầu tiên của Tezuka Osamu - người được mệnh danh là "cha đẻ của manga", cũng được biết đến như "cha đẻ của anime" - có tên là Hệ thống Star của Tezuka Osamu. Trong hệ thống này, các nhân vật có cùng thiết kế và tên nhưng sẽ đóng các vai khác nhau tùy vào những thiết lập khác nhau, bản vẽ chủ yếu lấy từ những nhân vật quan trọng trong tác phẩm riêng của ông và đôi khi là từ những tác phẩm khác. Không giống như các nhân vật trong hệ thống Star, ba tháng trước khi Tsubasa: Reservoir Chronicle phát hành, tạp chí Young Magazine bắt đầu đăng XXXHOLiC của CLAMP, hai nhân vật chính trong loạt manga này là Watanuki Kimihiro và Ichihara Yūko cũng xuất hiện trong Tsubasa, cả hai sê-ri này phát hành song song nhau. Cũng giống như nhiều tác phẩm khác của họ, các thành viên trong CLAMP đảm nhận nhiều khâu khác nhau thay đổi thường xuyên trong mỗi bộ truyện, chứ không cố định một công việc. Đối với Tsubasa: Reservoir Chronicle, Mokona phụ trách vẽ nhân vật chính, Nekoi Tsubaki và Igarashi Satsuki thiết kế các nhân vật phụ và cảnh nền, Ohkawa Nanase là chủ bút duy nhất chịu trách nhiệm viết kịch bản, và ngay cả các thành viên khác của CLAMP vẫn không được cho biết trước câu chuyện sẽ mở ra như thế nào[6].

Một buổi phỏng vấn đặc biệt với Ohkawa và Sugawara Kiichiro, biên tập viên của CLAMP làm việc trong Ban Biên tập của tạp chí Weekly Shōnen Magazine, đã diễn ra sau khi Tsubasa: Reservoir Chronicle đang trong phần kịch bản lấy bối cảnh ở Nước Ōto. Trong đó, Ohkawa tuyên bố rằng nhóm rất nghiêm túc nhận thức được Tsubasa là bộ truyện đăng trên Shōnen Magazine vốn dành cho các bạn đọc nhỏ tuổi nhất và đó là bước đột phá đầu tiên của họ để tiến vào thế giới shōnen manga. Vì vậy, các thành viên của CLAMP chắc chắn rằng nét vẽ và các mẫu đối thoại trong loạt manga là thích hợp với các độc giả nam nhỏ tuổi[7]; manga đã kết hợp cách viết furigana để giúp việc đọc trở nên dễ dàng hơn. Để thúc đẩy những điều này, nhóm đã tổ chức họp bàn với Sugawara, cũng là nơi họ đóng góp ý kiến cho kịch bản. Ohkawa đã chỉ ra trong buổi phỏng vấn rằng thời điểm duy nhất mà cốt truyện có những thay đổi đáng kể là ở Vương quốc Jade; chuyển từ "truyện ma cà rồng kinh dị" thành "trinh thám bí ẩn"[7].

Các thành viên của CLAMP gặp một số khó khăn trong việc điều chỉnh nét vẽ điển hình của họ sau khi quyết định xuất bản trên Weekly Shōnen Magazine. Vì phong cách vẽ ban đầu của họ là khá mỏng và không tạo ra được những ấn tượng như mong muốn, nên Ohkawa khuyên các họa sĩ dùng cọ vẽ dày hơn, cũng như sử dụng cảnh nền đơn giản như những tác phẩm khác đã đăng trên Shōnen Magazine. Cô nói rằng phong cách vẽ gốc của họ từng thu hút những độc giả đầu tiên và sau đó đang dần chuyển sang dùng một phong cách mới. Một số lúc, như khi cốt truyện tập trung vào Vương quốc Ōto, nét vẽ lại có sự chuyển biến rõ rệt, lúc này họ nghĩ đến việc trở về phong cách ban đầu của nhóm. CLAMP phải sắp xếp lại công việc theo lịch trình ra mắt hàng tuần của bộ truyện, vì các tác phẩm trước của nhóm thường đăng tải theo tháng. Sugawara tỏ ra lo ngại khi thấy sự căng thẳng trong công việc của các họa sĩ vì phải chạy đua với thời gian để theo kịp lịch phát hành hàng tuần của Tsubasa: Reservoir Chronicle song song với XXXHOLiC, nhưng cuối cùng ông đã ủng hộ họ hết mình. Theo mong muốn mỗi mẫu truyện phải được đầu tư kỹ lưỡng của Ohkawa, CLAMP tránh kết nối mẫu truyện này với mẫu truyện kia quá thường xuyên[7]. Vì Tsubasa có liên hệ với XXXHOLiC nên mẫu thiết kế các nhân vật có nhiều nét rất tương đồng; hai tác phẩm đôi khi chịu ảnh hưởng của Ukiyo-e, một phong cách vẽ thể hiện nhân vật có các chi khá dài[5]. Khi được hỏi về việc liệu có thể nhóm sẽ cho ra đời một tác phẩm khác giống bối cảnh trong thế giới song song như Tsubasa hay không, Ohkawa trả lời rằng cô không hâm mộ thể loại khoa học viễn tưởng và tiết lộ rằng tất cả các thế giới trong Tsubasa đều được tham khảo từ những tác phẩm khác. Đồng thời, Ohkawa cho biết cô muốn tách Tsubasa ra khỏi khuôn khổ của những tác phẩm trước đây. Cô cũng giải thích về sự thay đổi tính cách giữa các nhân vật hoàn toàn giống nhau khi chịu tác động của những thế giới mà họ sống trong đó[8].

Trong lúc đang tìm cách kèm theo các mặt hàng khuyến mại nhân vật khi phát hành các tập truyện, Suguwara đã nghĩ ra một ý tưởng mới lạ là phát hành hai phiên bản "chất lượng cao" và "bình thường" cho manga sau khi liên tưởng đến việc các tiểu thuyết được phát hành với hai phiên bản bìa cứng và bìa mềm, trong khi manga chỉ được phát hành một phiên bản. Vì đây là một ý tưởng mới, nhóm đã rút ra vài kinh nghiệm cho một số sự cố, như vô tình đặt lộn ngược hình minh họa theo chiều dọc trong ấn bản chất lượng cao đầu tiên. Nhóm cũng quyết định thiết kế kiểu cách các khẩu hiệu thường chỉ xuất hiện trên trang bìa của tạp chí vào mặt trước của các tankōbon chất lượng cao[7].